Mpi:tnotes

Revision [7490]

This is an old revision of Mpi made by ToBo on 2009-01-18 01:03:05.

MPI

1. Eigenschaften

Architektur und Hardware unabhängig
geeignet für Rechner mit mehreren CPUs und für Cluster mit mehreren Rechnern (auch für Cluster mit Multicorerechnern)
sichere Datenübertragung
Entwicklung von parallelen Algorithmen, Anwendungen und Bibliotheken

2. Implementierungen

MPICH2 ist eine MPI-1- und MPI-2-Implementierung
OpenMPI ist eine MPI-2-Implementierung eines Konsortiums von Partnern aus der akademischen Einrichtungen, Forschungseinrichtungen und der Industrie.
LAM/MPI
mpiJava

MPI ist nicht zu verwechseln mit OpenMP.

Ich entscheide mich für MPICH2.

3. Informationsmaterial

Introduction to MPI
Intermediate MPI

Debian Clusters for Education and Research
http://wiki.freepascal.org/MPICH
MpiInstallation Installation
MPI mit LAM einrichten
MpiReferenzBlatt Referenz zum Programmieren mit MPI
mpiexec man page
BoostLibMpi Vereinfachte Funktionen in der Boost-Bibliothek für die MPI-Unterstützung

4. Programme bei MPICH2

mpicc compiles and links MPI programs written in C
mpicxx compiles and links MPI programs written in C++
mpiexec runs an MPI program
mpd process mager
mpdallexit shutdown all process magers (mpd)
mpdcleanup removes the Unix socket on local (the default) and remote machines in case the mpd crashed badly and did not remove it
mpdtrace Llsts hostname of each of the mpds in the ring
mpdringtest measures the time a single message going around the ring of mpds <num> times (default once): mpdringtest 100

4.1mpd-Ring auf mehreren Rechnern einrichten

Die Datei /etc/hosts auf allen Rechner anpassen oder mit DnsServer DNS-Server arbeiten. Aufpassen mit localhost! Siehe dazu unten Fehlerbehandlung.
Einen extra Benutzer auf allen Maschinen für die Arbeit mit MPI einrichten. Bei der Arbeit mit MPI muss man davon ausgehen, dass sich ei Eindringling ohne weitere Vorkehrungen von jedem beliebigen System auf alle anderen Systeme Zugang verschaffen kann.
Am besten mittels NfsServer NFS einen User-Account auf allen Rechnern einrichten, so sind alle benutzerspezifischen Einstellungen und die Parallelprogramme auf allen Rechner gleich vorhanden.
Etwas bequemer geht es beim Start des mpd, wenn die Passworteingaben wegfallen. Das kann mittels LinuxSshPublicKeyAuth Public-Key-Authentifizierung erreicht werden.
MpiMpdRing MPD-Ring mit bootmpd starten.

Auf diese Weise kann man MPI-Programme mit mpiexec auf einem beliebigen Rechner ausführen.

5. Beispiele

Eigene Beispiele

MpiBeispiel01 Beispiel 1
MpiBeispielRing Nachricht in einem Ring weiterleiten (ring.c)
MpiBeispielCpi Berechnung von PI (cpi.c)
MpiBeispielBalancing Load Balancing bei ungleich leistungsstarken Rechnern nach dem MasterWorkerSchema Master-Worker-Schema

Beispiele aus MPICH2

shared/examples_graphics/cpi_anim
shared/examples_graphics/cxgraphics

6. Fehlerbehandlung

6.1Fehlermeldung von mpd oder mpdboot

mpd HOST1 (handle_mpd_output 392): failed to handshake with mpd on HOST2; recvd output={}

/etc/hosts

127.0.0.1       localhost.localdomain   localhost
10.3.6.1        HOST1
10.3.6.2        HOST2

6.2mpd bereinigen

Bei Experimentieren kann das löschen aller Überreste von mpd interessant sein.

Auf jeder Maschine ausführen

mpdallexit; mpdcleanup

6.3mpd beschäftigt

mpiexec_amygdala (mpiexec 392): no msg recvd from mpd when expecting ack of request

1 Minute abwarten und nochmal versuchen

CategoryStudiumSE
Siehe auch • • • • •

tnotes : Mpi